Τα μυστήρια κατέχουν κεντρική θέση στη Χριστιανική λατρεία. «Και άλλως δε μυστήριον καλείται», γράφει ο αγ. Ιωάννης ο Χρυσόστομος για την Ευχαριστία, «ότι ουχ απερ ορώμεν πιστεύομεν, αλλ’ έτερα ορώμεν, και έτερα πιστεύομεν... Ακούω σώμα Χριστού, ετέρως εγώ νοώ το ειρημένον, ετέρως ο άπιστος». Αυτός ο διπλός χαρακτήρας, ο ταυτόχρονα εξωτερικός και εσωτερικός, είναι το διακριτικό χαρακτηριστικό του μυστηρίου: τα μυστήρια, όπως και η Εκκλησία, είναι ταυτόχρονα ορατά και αόρατα. Σε κάθε μυστήριο υπάρχει ο συνδυασμός ενός εξωτερικού, ορατού σημείου με μια εσωτερική, πνευματική χάρη. Στο βάπτισμα ο χριστιανός υφίσταται μια ορατή κατάδυση στο νερό, ενώ ταυτόχρονα καθαρίζεται εσωτερικά από τις αμαρτίες του. Στην Ευχαριστία λαμβάνει αυτό, που από ορατή άποψη είναι άρτος και οίνος, ενώ στην πραγματικότητα μεταλαμβάνει το Σώμα και το Αίμα του Χριστού.
Στα περισσότερα μυστήρια η Εκκλησία παίρνει υλικά πράγματα –νερό, ψωμί, κρασί, λάδι- και τα μετατρέπει σε οχήματα του αγίου Πνεύματος. Με τον τρόπο αυτό τα μυστήρια μας μεταφέρουν στο γεγονός της Σάρκωσης, όταν ο Χριστός ανέλαβε υλική σάρκα και την κατέστησε όχημα του αγίου Πνεύματος. Αφετέρου δε προεικάζουν την αποκατάσταση και την τελική λύτρωση της ύλης κατά την Εσχάτη Ημέρα.
Η Ορθοδοξία απορρίπτει κάθε προσπάθεια που αποσκοπεί στο να καταστήσει τα μυστήρια λιγότερο υλικά. Το ανθρώπινο πρόσωπο πρέπει να θεωρηθεί υπό ολιστικούς όρους, ως μια αδιάλυτη ενότητα ψυχής και σώματος έτσι, ώστε τα μυστήρια, στα οποία συμμετέχουν οι άνθρωποι, να περιλαμβάνουν το σώμα και το πνεύμα τους. Το βάπτισμα τελείται δια καταδύσεως. Στην Ευχαριστία χρησιμοποιείται ένζυμος άρτος κι όχι μπισκότα. Κατά την εξομολόγηση ο ιερέας δεν μεταδίδει την άφεση εξ αποστάσεως, αλλά δια της επιθέσεως των χειρών στην κεφαλή του μετανοούντα. Στην κηδεία συνηθίζεται το φέρετρο να παραμένει ανοικτό, και όλοι προσέρχονται να δώσουν τον τελευταίο ασπασμό στον κεκοιμημένο – το νεκρό σώμα είναι αντικείμενο αγάπης, και όχι αποστροφής.
Η Ορθόδοξη Εκκλησία συνήθως αναφέρεται σ’ επτά μυστήρια, τα ίδια ακριβώς που αναφέρει και η Ρωμαιοκαθολική θεολογία:
Βάπτισμα
Χρίσμα
Ευχαριστία
Μετάνοια η Εξομολόγηση
Ιερωσύνη
Γάμος
Ευχέλαιο
Ο κατάλογος αυτός δημιουργήθηκε και σταθεροποιήθηκε μόλις τον δέκατο έβδομο αιώνα, όταν η Λατινική επιρροή βρισκόταν στο αποκορύφωμά της. Πριν από την περίοδο αυτή, οι Ορθόδοξοι συγγραφείς διέφεραν σημαντικά ως προς τον αριθμό των μυστηρίων που ανέφεραν: ο Ιωάννης Δαμασκηνός μιλά για δύο, ο Διονύσιος Αρεοπαγίτης για έξι, ο Ιωάσαφ, Μητροπολίτης Εφέσου (δέκατος πέμπτος αιώνας) για δέκα. Και αυτοί ακόμη από τους Βυζαντινούς συγγραφείς που αναφέρουν επτά μυστήρια, συνήθως διαφέρουν ως προς τα μυστήρια που περιλαμβάνουν στον κατάλογό τους. Ακόμη και σήμερα ο αριθμός επτά δεν παρουσιάζει ιδιαίτερη σημασία για την Ορθόδοξη θεολογία, αλλά χρησιμοποιείται κυρίως για λόγους ευκολίας στη διδασκαλία.
Όσων η σκέψη κινείται στα τυπικά πλαίσια που θέτει ο όρος «επτά μυστήρια», πρέπει να προφυλαχθούν από δύο παρανοήσεις. Κατ’ αρχάς, αν και τα επτά μυστήρια είναι όλα γνήσια, δεν διαθέτουν όμως την ίδια σπουδαιότητα, αλλ’ υπάρχει μια κάποια «ιεράρχηση» μεταξύ τους. Η Ευχαριστία, παραδείγματος χάριν, βρίσκεται στην καρδιά όλης της χριστιανικής ζωής και εμπειρίας, κάτι που δεν συμβαίνει, π.χ. με το Ευχέλαιο. Το Βάπτισμα και η Ευχαριστία κατέχουν μια ειδική θέση μεταξύ των επτά μυστηρίων: σύμφωνα με μια φράση που υιοθετήθηκε στη Μεικτή Επιτροπή Ρουμάνων και Αγγλικανών θεολόγων στο Βουκουρέστι το 1935, αυτά τα δύο μυστήρια «προεξάρχουν των άλλων θείων μυστηρίων».
Δεύτερον, όταν μιλάμε για τα «επτά μυστήρια», δεν πρέπει να τα απομονώνουμε από τις πολλές άλλες πράξεις της Εκκλησίας που διαθέτουν μυστηριακό χαρακτήρα, και οι οποίες συμβατικά ονομάζονται μυστηριακές πράξεις η Αγιαστικές τελετές. Στις πράξεις αυτές ανήκει η τελετή της μοναχικής κουράς, ο μεγάλος Αγιασμός των Θεοφανείων, η τελετή της ταφής, και το χρίσμα του Μονάρχη. Σ’ όλες αυτές τις πράξεις υπάρχει ο συνδυασμός του εξωτερικού, ορατού σημείου με την εσωτερική, πνευματική χάρη. Η Ορθόδοξη Εκκλησία χρησιμοποιεί επίσης πάρα πολλές ευχές, που και αυτές διαθέτουν μυστηριακό χαρακτήρα: ευχές για την καρποφορία του σιταριού, του κρασιού και του λαδιού. Για τα φρούτα, τους αγρούς και τα σπίτια. Για κάθε αντικείμενο και στοιχείο. Αυτές οι βραχύτερες ευχές και ακολουθίες είναι συχνά πολύ πρακτικές και πεζές: υπάρχουν ευχές για τον αγιασμό ενός αυτοκινήτου, η μιας μηχανής τρένου, η για την απομάκρυνση των βλαβερών ζωυφίων. Δεν υπάρχει κανένας άκαμπτος διαχωρισμός μεταξύ μιας ευρύτερης και μιας στενότερης έννοιας του όρου «μυστήριο»: ολόκληρη η χριστιανική ζωή πρέπει να θεωρείται ως μια ενότητα, ως ένα μοναδικό και μεγάλο μυστήριο, που οι διάφορες πτυχές του εκφράζονται με μια μεγάλη ποικιλία πράξεων, που μερικές τελούνται μόνο μια φορά στη ζωή μας, ενώ άλλες ίσως καθημερινά.
Τα μυστήρια είναι προσωπικά: είναι τα μέσα με τα οποία η χάρη του Θεού μεταδίδεται στον κάθε χριστιανό κατά προσωπικό τρόπο. Γι’ αυτόν τον λόγο στα περισσότερα μυστήρια της Ορθόδοξης Εκκλησίας, ο ιερέας αναφέρει τα ονόματα των παρόντων, καθώς τελεί το μυστήριο. Όταν, παραδείγματος χάριν, προσφέρει τη θεία Κοινωνία, λέει: «Μεταλαμβάνει ο δούλος του Θεού... (δείνα) το τίμιον Σώμα και το τίμιον Αίμα του Κυρίου...» Η κατά το Ευχέλαιο λέει: «Θεράπευσον, Πάτερ, τον δούλον σου...(δείνα) από την ασθένειαν του σώματος και ψυχής». Και κατά τη χειροτονία ο επίσκοπος λέει: «Η θεία χάρις, η τα ασθενή θεραπεύουσα και τα ελλείποντα αναπληρούσα, προχειρίζεται τον ... (δείνα)». Αξίζει να προσέξουμε πως σε κάθε περίπτωση ο λειτουργός δεν μιλά στο πρώτο πρόσωπο, δεν λέει. «Βαπτίζω...», «Χρίω...», «Προχειρίζομαι...». Τα «μυστήρια» δεν είναι δικές μας πράξεις, αλλά του Θεού «εν τη Εκκλησία», και πραγματικός τελετουργός είναι πάντοτε ο ίδιος ο Χριστός. Σύμφωνα με τον αγ. Ιωάννη Χρυσόστομο, «Ο ιερέας απλώς δανείζει τη γλώσσα του και προσφέρει τα χέρια του».
